船舶工程实验室目前主要承担本科教学工作和船舶系相关科研工作。实验室拥有船舶导航制导与控制研究室、船舶控制设备测试实验室、船舶模型实训室三个实验室。

船舶导航制导与控制研究室主要从事船舶航向航迹控制、船舶动力定位控制和水下机器人运动控制等研究工作，目前该研究室有副教授2名、高级工程师1名、讲师1名。

船舶控制设备测试实验室拥有船舶舵机一台，主要用于船舶航向航迹控制设备的测试工作。

船舶模型实训室拥有各种采购和自制模型十多套，主要用于本科生科普教育和船舶模型制作培训。